自体脂肪填充脂肪存活率不高
自体脂肪填充是通过脂肪移植来实现填充的效果的，但自体脂肪填充的缺点中很明显的一点就是脂肪成活率较低(低于40%)，这导致自体脂肪填充的结果难以准确预测。自体脂肪填充一次性填充较多自体脂肪容易导致移植的自体脂肪容易失去血液供氧，从而导致脂肪钙化或者出现硬结的情况。脂肪存活率较低则意味着身体需要经过多次的脂肪抽取以及填充，身体受到多次的创伤其后果其实也是无法预计的。
自体脂肪填充易变大小脸
自体脂肪填充面部很容易因为医生的技术导致变成大小脸，因为自体脂肪填充时的抽取讲究一次到位的原则，从抽取到提取细胞的过程中，脂肪细胞与空气接触的时间都会影响到脂肪细胞的质量。提取的脂肪细胞讲究完整圆润，而脂肪细胞注射到面部各个部位的过程中，脂肪细胞的排列以及注射的手法都需要手法非常纯熟的整形医生才能做到。如果做自体脂肪填充的医生经验不充足，那么注射苹果肌等两边对称的部位，两边的吸收程度可能会出现一定差异，这也是技术水平不佳的医生操作自体脂肪填充的缺点。
自体脂肪填充需多次手术
自体脂肪填充需要多次进行，这是自体脂肪填充很明显的缺点之一。因为面部的各个部位容纳空间极其有限，另外填充进去的脂肪还不可以100%存活，因此一次性不能注射过多自体脂肪填充面部，而是要分次注射填充面部。这也就意味着妹纸们要经历多次的抽脂以及填充，才能达到填充的效果，这也算是自体脂肪填充缺点之一。
